Conserver ses factures électroniques en 2025: obligations, bonnes pratiques et erreurs à éviter!

La facturation électronique deviendra obligatoire pour les transactions B2B en Belgique à partir du 1er janvier 2026. Ce bouleversement implique bien plus que l’adoption d’un format structuré tel que Peppol : il soulève aussi une question essentielle pour les entreprises et leurs experts-comptables : comment conserver ces factures ? Combien de temps ? Sous quelle forme ? Et avec quelles garanties de conformité ?

Chez Deg & Partners, nous avons souhaité répondre de manière rigoureuse à ces questions, en croisant les règles comptables, fiscales et TVA. Nous mettons en lumière les obligations légales, mais aussi les risques à ne pas sous-estimer et les pratiques numériques à adopter pour transformer cette contrainte en opportunité.

1. Un principe fondamental : l’obligation de conservation pendant 10 ans

Depuis la loi du 20 novembre 2022, les assujettis à l’impôt des personnes physiques, des sociétés, des personnes morales et des non-résidents doivent conserver leurs documents fiscaux pendant 10 ans¹. Ce délai débute le 1er janvier de l’année qui suit l’année d’émission du document.

Cette règle concerne :

• les factures entrantes et sortantes ;
• les contrats, pièces justificatives, documents de paiement ;
• les journaux comptables, extraits de comptes, fiches clients ;
• et tous les documents permettant d’établir l’impôt dû.

2. Conservation papier ou électronique : liberté encadrée

La législation belge permet aux entreprises de choisir entre une conservation papier ou électronique. Toutefois, ce choix est subordonné à trois exigences essentielles² :

• l’authenticité de l’origine (identité du fournisseur ou du client),
• l’intégrité du contenu (absence de modification),
• et la lisibilité pendant toute la période de conservation.

Autrement dit : que vous archiviez vos documents sur support papier, en PDF, en XML ou dans un logiciel cloud, vous devez pouvoir démontrer que le contenu n’a pas été altéré et que l’origine est traçable.

À noter : les factures électroniques peuvent être archivées sur papier, mais ce choix est déconseillé, car il fait perdre une grande partie des avantages de l’e-facturation.

3. Les obligations spécifiques en matière de TVA

La TVA ajoute des exigences supplémentaires. L’article 60 du Code de la TVA prévoit que :

• les factures doivent être conservées pendant 10 ans à compter du 1er janvier de l’année suivant leur émission³ ;
• elles doivent être accessibles immédiatement sur demande de l’administration ;
• et si elles sont conservées hors de Belgique, cela n’est autorisé que si l’administration peut y avoir accès en ligne sans délai.

De plus, certains investissements donnent lieu à des révisions de la déduction sur 5, 15 ou 25 ans⁴. Il est donc conseillé de conserver les pièces justificatives correspondantes au-delà du délai général.

4. Que se passe-t-il en cas de contrôle fiscal ?

En cas de vérification, le contribuable doit mettre à disposition l’intégralité des documents, dans un format lisible, sans délai et sans déplacement⁵. L’administration peut :

• effectuer ses propres copies ou extractions de données ;
• demander une restitution dans un autre format ;
• ou imposer des traitements informatiques à des fins de contrôle.

Si les documents ne sont pas disponibles, mal archivés ou illisibles, l’administration peut refuser la déduction de la TVA et appliquer une amende administrative, tant au client qu’au fournisseur⁶.

5. Le cas du cloud computing : permis sous conditions

L’archivage électronique dans le cloud est autorisé, y compris via des prestataires externes, à condition que les documents soient accessibles à tout moment depuis la Belgique. En pratique :

• vous n’avez pas besoin d’une autorisation préalable du SPF Finances⁷ ;
• mais vous restez responsable en cas de défaillance du prestataire (ex. : perte de données, arrêt de service)⁸.

Il est donc vivement recommandé de prévoir un back-up indépendant (hors du fournisseur principal), de type copie miroir ou duplication périodique sur un serveur distinct.

6. Harmoniser ses pratiques : l’archivage centralisé, oui, mais structuré

Pour les groupes ou les PME multisites, il est tentant de centraliser l’archivage. Cela est autorisé, à condition que l’entreprise puisse garantir :

• l’accès immédiat aux documents (pas seulement sur demande du siège),
• l’intégrité du système (éviter les manipulations ou les pertes),
• et la lisibilité dans le temps (formats non propriétaires, lisibilité dans 10 ans).

?Exemple : une facture XML stockée dans un système fermé peut devenir inexploitable si le logiciel propriétaire n’est plus maintenu. Il est donc préférable de privilégier des formats ouverts et interopérables, comme PDF/A ou XML UBL.

7. Conflit entre législations ? La TVA l’emporte

Certains entrepreneurs s’étonnent que le Code de droit économique impose une durée de conservation de seulement 7 ans⁹. Cette règle reste valable… sauf en matière fiscale, où le délai est désormais de 10 ans, TVA comprise¹⁰.

En cas de conflit, la législation fiscale prévaut sur le droit comptable général, y compris pour les documents à double portée (ex. : factures justificatives et pièces comptables).

8. Une opportunité de modernisation organisationnelle

L’obligation d’archivage ne doit pas être vue comme un fardeau, mais comme l’occasion d’optimiser son organisation documentaire :

• adoption de formats pérennes (PDF/A, XML),
• classement structuré (par année, par client, par nature),
• automatisation du scan et de l’indexation (OCR),
• centralisation via une GED (gestion électronique de documents),
• conservation dans un environnement cloud sécurisé.

L’archivage devient alors un levier de productivité, de traçabilité et de conformité.

9. L’engagement de Deg & Partners : rigueur, accompagnement et solution intégrée

Chez Deg & Partners, nous ne nous contentons pas de rappeler les règles. Nous investissons dans des solutions concrètes d’archivage et de gestion électronique adaptées aux nouvelles normes fiscales et comptables.

Ensemble, nous vous aidons à :

• établir une politique d’archivage conforme aux règles fiscales belges ;
• structurer votre organisation documentaire ;
• intégrer votre archivage à votre système de facturation électronique (notamment via Peppol) ;
• et anticiper les évolutions futures du droit (ViDA, e-reporting…).

Conclusion

Avec la généralisation imminente de la facturation électronique, la question de l’archivage devient centrale. En matière fiscale, les sanctions sont réelles, mais les bénéfices d’une organisation rigoureuse sont tangibles. Le défi est à la fois technique, juridique et organisationnel.

Deg & Partners est à vos côtés pour transformer cette obligation en force. Parlons-en dès maintenant.

Notes et références

1. Article 315, al. 3 du Code des impôts sur les revenus 1992 (CIR 92), modifié par la loi du 20 novembre 2022 (M.B. 30.11.2022).
2. Article 60, §5 du Code de la TVA.
3. Article 60, §3 et §4 du Code de la TVA.
4. Arrêté royal n°3 relatif aux déductions de TVA, article 9.
5. Article 315, al. 1 et 2 CIR 92.
6. Circulaire n° 2024/C/21 relative aux modalités de contrôle et de sanctions.
7. SPF Finances, FAQ sur la conservation électronique des factures (mise à jour 2024).
8. Circulaire TVA n° 6/2025 du 27 janvier 2025.
9. Article III.86 et III.88 du Code de droit économique.
10. Circulaire n° AAFisc n° 12/2023 du 12 décembre 2023 – Conservation des documents en matière TVA et impôt des revenus.